La méthode change selon que votre serveur tourne des plugins ou des mods.
Plugins (Paper / Purpur)
Déposez le fichier .jar du plugin dans le dossier plugins/, puis redémarrez le serveur. Chaque plugin génère son propre dossier de configuration au premier lancement.
Mods (Forge / Fabric)
Placez le .jar du mod dans le dossier mods/. Vérifiez que la version du mod correspond exactement à la version de Minecraft et du loader (Forge ou Fabric) installés.
Dépendances
Beaucoup de mods nécessitent une bibliothèque commune (comme Fabric API). Installez-la avant les mods qui en dépendent.
Vérifier après redémarrage
Consultez les logs : une incompatibilité de version se traduit presque toujours par une erreur explicite au démarrage, avant même que le serveur ouvre le port de jeu.